Действие игры происходит в вымышленной Островной империи, через 15 лет после событий первой части игры. Основные события происходят в городах Дануолл и Карнака. В ходе первой сцены в тронном зале, игрок получает возможность выбора в какой роли играть — потерявшей трон императрицы Эмили или защитника короны и отца Корво. Каждый из этих персонажей имеет свой набор способностей, развиваемых по ходу игры. Игра состоит из набора эпизодов-миссий, каждую из которых можно проходить по-разному — от «стелс» до открытого конфликта.